通常注銷分公司的費用需根據公司類型，企業是否正常報稅來決定。
一般情況下，注銷分公司繳納的費用主要是補繳的稅費和罰款。
若為正常戶注銷，其收費一般為4000元左右。但若為非正常戶注銷，那么其費用就需根據企業實際經營狀況來進行綜合評定。
另外，若企業尋求第三方成都公司注冊代理機構提供注銷服務，那么其還需要支付相關代理服務費用。
分公司注銷登記需要提交什么材料?
(1)公司法定代表人、指定代表或者共同委托代理人簽署并加蓋公司公章的《分公司注銷登記申請書》;
(2)公司簽署、加蓋公司公章并粘貼指定代表或共同委托代理人身份證復印件的《指定代表或者共同委托代理人的證明》，應標明具體委托事項、權限、委托期限。
指定代表或共同委托代理人要提交身份證原件(供當場確認使用)。
(3)公司出具的注明分公司注銷原因的注銷決定。
(4)分公司的《營業執照》正、副本。
(5)分公司完稅證明。
您所說的“稅務系統中好象還處于非正常狀態”如是指沒有進行稅務登記，可以提交領取營業執照時工商登記機關核發的辦理稅務登記使用的那聯“分公司登記核準通知書”作為證明。
(6)分公司如單獨開設有銀行賬戶的，還需提交銀行清戶證明。
(7)分公司公章。
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