科技小巨人工程采取市區(縣)聯動方式,實行市區(縣)科技行政管理部門集中受理,市區(縣)科技和產業行政管理部門聯合評審、共同授牌的方式。
科技小巨人企業申報條件包括以下幾個方面：
企業需要擁有自主知識產權，包括發明專利、實用新型專利、外觀設計專利、軟件著作權等。這些知識產權需要與企業主要產品（服務）在技術上發揮核心支持作用。
企業近三個會計年度的研究開發費用總額占同期營業收入總額的比例需要不低于4%，其中軟件和信息技術服務業、醫藥制造業的比例不低于6%。
企業上一年度從事研發和相關技術創新活動的科技人員占企業職工總數的比例不低于10%且達50人（含）以上。
企業上一年度主導高新技術產品（服務）收入占企業同期總收入的比例不低于60%，市場占有率位于全省前3位或全國前5位。
企業上一年度營業收入需要達到2億元（含）以上。
近三個會計年度營業收入或凈利潤復合增長率達15%以上，或近三個會計年度累計獲得股權融資超過8000萬元（或等值外幣）。
申請前一年企業未發生重大安全、重大質量事故或嚴重環境違法行為。山區26縣、海島縣企業，可適當放寬營業收入或市場占有率等部分條件要求。
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